La storia della Malesia e' legata a doppio filo alla sua posizione strategica tra l'Europa, l'Estremo Oriente e il Sud Est Asiatico.
Gia' nel II secolo, gli indiani conoscevano la penisola malesiana, famosa per i metalli preziosi, lo stagno e i legni aromatici della giungla. Attraverso gli indiani arrivarono l'induismo e il buddismo. Il primo regno della penisola fu induista.
Tra il VII e il XIII secolo la penisola fu conquistata dall'impero di Sumatra, buddista, che arrivo' a controllare tutto lo Stretto di Malacca, Java e il Borneo meridionale, acquisendo grandi fortune dal commercio con l'India e la Cina. Il regno fu sconfitto nel XIV secolo dai thailandesi e dal regno di Java. Intorno al XII-XIII secolo arrivo' nella penisola anche l'Islam, portato probabilmente da commercianti indiani musulmani. L'Islam si affermo' prima a Malacca e poi si diffuse in tutto il territorio.
Nel XIV secolo un principe induista proveniente da Sumatra, relegato in un piccolo villaggio di pescatori (che oggi conosciamo come Malacca) riconobbe il valore strategico della zona e, in cambio di protezione dai thailandesi, si alleo' con i cinesi, che arrivarono nella penisola. Malacca divenne il fulcro degli scambi commerciali tra India (pepe, tessuti) e Cina (porcellana e seta), a beneficio anche del commercio locale (metalli e spezie). Il sultano di Malacca arrivo' con il tempo a capo del piu' grande impero della storia della Malesia.
Nel XV secolo l'Europa, che fino a quel momento acquistava spezie orientali trasportate attraverso l'India e la penisola araba. I portoghesi decisero quindi di andare direttamente alla fonte: Malacca. Arrivarono nel porto nel 1509 e gia' nel 1511 la citta' era conquistata. Restarono per 130 anni ma la loro influenza sulla cultura locale si limita oggi a una sorta di dialetto portoghese, il Kristang, parlato ancora oggi.
Dopo i portoghesi fu la volta degli olandesi, che si allearono con il sultanato di Johor, prima sovrano di Malacca, e conquistarono la citta' nel 1641. Durante il loro governo, che duro' 150 anni, gli olandesi ridussero di fatto l'importanza della citta', a favore invece di Jakarta, dove avevano la loro base regionale.
Gli inglesi arrivarono nella penisola ma si fermarono nel 1786 a Penang, che divenne la loro base operativa per la Compagnia delle Indie Orientali. Presto pero' si resero conto della necessita' di avere altri punti di appoggio lungo la via per l'Oriente e cosi' nel 1819 acquistarono, dal sultano di Johor, Singapore. Nel 1824, inglesi e olandesi firmarono un trattato che definiva le sfere di influenza nella regione: agli olandesi andava l'Indonesia, agli inglesi Penang, Malacca, Dinding e Singapore (i cosiddetti "Straits Settlements").
Gli inglesi governavano seguendo il motto "commercio, non territorio", nel senso che lasciavano la gestione politica locale ai locali. Iniziarono pero' scontri tra i sultani locali e gli inglesi sentirono minacciati i propri interessi commerciali. Intervennero cosi' nei conflitti e nel 1874 acquisirono il controllo di alcune zone, diventate a tutti gli effetti colonie. Nel 1896 Perak, Selangor, Negeri Sembilan e Pehang furono riuniti negli Stati Federali Malay, governati da rappresentanti dell'Inghilterra. Altre regioni furono acquistate. I locali pero' non erano entusiasti di essere sotto il domino inglese e gia' prima della seconda guerra mondiale volevano l'indipendenza.
Nel 1941 i giapponesi conquistarono l'intera penisola malese e Singapore uccidendo migliaia di persone tra occidentali, cinesi, comunisti e intellettuali. Al di la' della violenza contro la popolazione, i giapponesi non approfittarono delle ricchezze della penisola perche' gli inglesi avevano reso inutilizzabili le miniere. Nel 1945 i giapponesi si arresero finalmente agli inglesi a Singapore.
Nel 1946 gli inglesi favorirono la nascita di una Unione Malesiana sotto il controllo della Corona inglese. L'esperimento duro' poco: nel 1948 l'Unione fu convertita nella Federazione della Malaya, che ristabili' le prerogative dei sultani.
Le elezioni del 1955 furono vinte da un nuovo partito, l'Alliance Party di Tunku Abdul Rahman, e il 31 agosto 1957 fu firmata l'indipendenza dagli inglesi. In origine doveva fare parte del nuovo stato indipendente, la Malesia, anche il Brunei, ma all'ultimo momento il sultano locale rifiuto' per non perdere i benefici del petrolio di cui era ricco. Inizialmente entro a far parte invece Singapore ma, poiche' il nuovo governatore locale, Lee Kuan Yew, rifiuto' di estendere i privilegi costituzionali ai malesi di Singapore, Tunku Abdul Rahman si trovo' obbligato nel 1964 a espellere la citta' stato.
La difficolta' di convivenza tra malesi e cinesi era molto sentita anche nel resto della penisola. I cinesi non accettavano la predominanza malese nelle istituzioni, mentre i malesi non accettavano la predominanza cinese nel commercio. Il governo a un certo punto ipotizzo' addirittura di abolire tutte le lingue tranne il malese e di cancellare storia, lingua e cultura cinesi e indiane dai programmi scolastici. Nel 1969 scoppiarono le proteste a Kuala Lumpur dove rimasero uccisi centinaia di cinesi. Per cambiare le cose fu quindi approvato un Nuovo Piano Economico, nella speranza di appianare le differenze tra i gruppi etnici.
Nel 1981, Mahathir Mohamad diventa primo ministro e mette in pratica una serie di riforme volte a convertire e rafforzare l'economia nazionale, trasformandola da un sistema basato sulle materie prime (soprattutto la gomma) a un sistema fondato sull'industria e la manifattura, aumentando cosi' le esportazioni e permettendo cosi' una crescita annua costante del 10%. Nel 1997 pero' arriva anche in Malesia la crisi che aveva colpito il resto del Sud-Est Asiatico, causando malcontento e diffondendo ancora di piu' la corruzione. La crisi pero' si e' risolta nel paese piu' velocemente che altrove e oggi la Malesia e' un paese avanzato e integrato nel sistema economico mondiale.