Il Giappone e' composto da una catena di isole, piu' di 1000, che si estendono per quasi 3000 km seguendo una catena montuosa che segna il limite orientale del continente asiatico. I punti piu' a nord del Giappone hanno latitudini simili a quelle di Miami e del Cairo, i punti piu' a sud quelle di Montreal e Milano. L'80% del territorio giapponese e' montagnoso.
Il Giappone e' probabilmente uno dei luoghi al mondo piu' attivi in senso geologico del termine. Questo perche' in corrispondenza delle montagne giapponesi si incontrano 3 placche tettoniche, quella pacifica, quella filippina e quella euroasiatica. L'origine stessa delle isole giapponesi e' dovuta all'attivita' vulcanica della zona (in Giappone ci sono piu' di 20 vulcani attivi e in generale ospita il 10% dei vulcani della Terra). Il Giappone e' quindi anche molto soggetto a movimenti tellurici: vi si registrano piu' di 1000 sismi, di varia intensita', ogni anno, con una maggiore frequenza nella zona di Tokyo.
La popolazione giapponese raggiunge i 130 milioni (il decimo paese al mondo per numero di abitanti) e il 75% vive nei centri urbani, dove la densita' abitativa e' quindi molto elevata. I non-giapponesi sono poco piu' dell'1%. Trai gruppi etnici piu' interessanti, gli Ainu, della provincia di Hokkaido, ora ridotti numericamente e culturalmente isolati (situazione simile a quella degli indiani d'America).
Per quanto riguarda la vegetazione, il 60% del territorio giapponese e' coperto da foreste, anche se raramente vergini. Questi polmoni verdi sono divisi in 29 parchi nazionali e 56 parchi quasi-nazionali che attirano piu' di 400 milioni di visitatori all'anno.
La municipalita' di Tokyo include la pianura denominata Kanto in cui scorrono molti fiumi che producono energia per la citta' di Tokyo.